পীর খানজাহান আলী’র পূন্যভূমি বাগেরহাট-এ আচার্য্য প্রফুল্ল চন্দ্র রায়’র নেতৃত্বে স্থানীয় খলিফাতাবাদ ও হাবেলী পরগনার জমিদার, সাধারণ মানুষ ও বিদ্যোৎসাহী ব্যক্তিগণ ১৯১৬-১৯১৮ খ্রিস্টাব্দে “বাগেরহাট কলেজ”-এর ভিত্তি রচনা করেন। পরবর্তীতে ১৯১৮ খ্রিস্টাব্দে ০৯ আগষ্ট “প্রফুল্ল চন্দ্র কলেজ” নামে কলিকাতা বিশ্ববিদ্যালয় এ প্রতিষ্ঠানের স্বীকৃতি দান করে। আচার্য্য প্রফুল্ল চন্দ্র রায়’র অনুরোধে ঋষি কামাখ্যাচরণ নাগ এ কলেজের অধ্যক্ষের দায়িত্বভার গ্রহণ করেন। প্রায় বাইশ বছর যাবৎ তিনি অধ্যক্ষের দায়িত্ব পালন করেন। তাঁর ছিল অসাধারণ পান্ডিত্য। ইংরেজী, বাংলা, সংস্কৃত, পদার্থবিজ্ঞান, গণিত, অর্থনীতি, ইতিহাস, দর্শন, প্রভৃতি বিষয়ে তিনি তাৎণিকভাবে শ্রেণী পাঠদান করতে পারতেন। কলেজের গঠনকালে গভার্নিং বডির সদস্যদের সাথে নিজে দ্বারে দ্বারে ঘুরে অর্থ সংগ্রহ করতেন। ১৯২৪ খ্রিস্টাব্দে ইংরেজী, গনিত, ইতিহাস, ও সংস্কৃত বিষয়ে অনার্স পড়ানো হতো। পরবর্তীতে বাংলা, অর্থনীতি, আরবী ইত্যাদি বিষয়ে অনার্স খোলা হয়। ১৯৪৭ খ্রিস্টাব্দে দেশ বিভাগের পর সাময়িকভাবে এ কলেজের অগ্রগতি কিছুটা ব্যহত হয়। ১৯৬০ খ্রিস্টাব্দ হতে পুনরায় বিজ্ঞান ও বাণিজ্য শাখায় ডিগ্রী কোর্স চালু হয়। এ সময়ে কলেজের ছাত্র-ছাত্রীর সংখ্যা প্রায় ৩,০০০ (তিন হাজার) এবং হোস্টেলে প্রায় ৫০০ (পাঁচশত) ছাত্রের আবাসনের ব্যবস্থা ছিল। সাতক্ষীরা, যশোর, গোপালগঞ্জ এবং বরিশালের পশ্চিমাঞ্চলের শিার্থীরা এ কলেজে পড়াশুনা করতো। সাবেক প্রেসিডেন্ট জিয়াউর রহমানের ঘোষণা মোতাবেক ১৯৭৯ খ্রিস্টাব্দ ৭ মে থেকে কলেজটি জাতীয়করণ করা হয়। ১৯২৪ খ্রিস্টাব্দের পর থেকে কেবলমাত্র বাংলায় অনার্স কোর্স চালু ছিল। ১৯৯৬ খ্রিস্টাব্দ হতে ১৪ (চৌদ্দ) টি বিষয়ে অনার্স ও ৬ (ছয়) টি বিষয়ে মাস্টার্স কোর্স চালু আছে। অনার্স বিষয়গুলি – বাংলা, ইংরেজী, অর্থনীতি, রাষ্ট্রবিজ্ঞান, ইতিহাস, ইসলামের ইতিহাস ও সংস্কৃতি, দর্শন, গণিত, পদার্থবিজ্ঞান, রসায়ন, প্রাণিবিদ্যা, উদ্ভিদবিজ্ঞান, হিসাববিজ্ঞান ও ব্যবস্থাপনা। মাস্টার্স বিষয়গুলি – বাংলা, ইংরেজী, রাষ্ট্রবিজ্ঞান, ইসলামের ইতিহাস ও সংস্কৃতি, হিসাববিজ্ঞান ও উদ্ভিদবিজ্ঞান। কলেজের জমির পরিমান – ২০ (বিশ) একর । ছাত্র-ছাত্রীর সংখ্যা – ৮,০০০ (আট হাজার) । শিক্ষকের পদ – ৭১ টি। বাগেরহাট শহরের পশ্চিম পাশে অত্যন্ত নিরিবিলি পরিবেশে এ কলেজটির অবস্থান। এ কলেজের পরীক্ষার ফলাফল খুবই সন্তোষজনক। পরম করুনাময়ের কাছে প্রার্থনা করি এ কলেজের শ্রীবৃদ্ধি এবং সাফল্য উত্তরোত্তর বৃদ্ধি পাক।